第二类疫苗是指由公民自费并且自愿受种的其他疫苗。为了规范全省第二类疫苗采购、使用和管理，保证第二类疫苗接种质量和正常供应，《方案》明确，以省级政府集中采购的形式确定全省二类疫苗生产企业和单价，县级疾控机构为二类疫苗的采购主体，代表辖区所有预防接种单位按照中标价格，在甘肃省药品集中采购平台进行公开采购和交易。各预防接种单位根据预防接种工作需要，制定二类疫苗需求计划，并逐级上报。省疾控机构负责组织相关专家论证，同时，根据传染病流行、发生情况，结合市场需求，确定年度全省所用二类疫苗基础目录，根据基础目录，进行政府集中招标采购。二类疫苗挂网价格形成后，对于采购周期内价格明显高于周边六省份，或明显低于周边六省份且供货不足的，及时启动价格调整机制。
《方案》要求，县级疾控机构要与疫苗生产企业签订《第二类疫苗采购合同》，明确采购品种、剂型、规格、数量、回款周期、配送企业等实质性内容，疫苗生产企业则按相关规定和要求，及时充足地供应相关产品，不得通过省药品集中采购平台以外的方式供应。疫苗生产企业需直接向县级疾控机构配送二类疫苗，或者委托具备冷链储存、运输条件的企业配送。接种单位接种第二类疫苗可以收取合理的预防接种劳务费。对挂网企业建立不良记录制度，凡是通过网外销售，证据确凿的，取消该疫苗的挂网；出现三次以上者，取消该企业下一年度所有疫苗的挂网投标资格；经证实有贿赂行为的，取消该企业下一年度所有疫苗的投标挂网资格。