一是关注医改政策执行情况。重点关注公立医院综合改革启动以来的“取消药品加成”、“降低药占比”、“药品集中网上采购”等医改新规定的执行情况。检查过程中借助计算机技术，直接从医院HIS系统中对审计时段内相关数据进行分类汇总，获取医院药品销售的原始数据，确保审计数据来源的真实性。
二是关注医疗服务收费情况。聚焦改革以来医疗服务价格变动情况，重点核查医改中提高的体现医护技术劳务价值的收费价格和降低的大型医疗设备价格。通过将医院收费标准与物价部门出台的医疗服务价格目录进行比对分析，查看是否按照物价部门核定的调价标准及时将医疗服务价格调整到位并严格执行。
三是关注医保机构相关制度完善情况。重点关注医改政策出台后医保基金报销规定的修订情况和医保机构对医疗费用增长的监管控制措施。通过检查、座谈等形式，了解医保机构是否根据对医改导致的医疗费用结构变动对医保基金报销规定进行及时调整，对医院通过“过度医疗”增收的行为是否实施监控等。同时还关注了医保费用总额控制制度对公立医院的影响，及各公立医院垫付医保资金情况.